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特此声明，惟知我者谅之。”
事隔多年后，蔡元培写的回忆文章《我在北京大学的经历》，把当年辞职的原因做了清晰的梳理：“……但被拘的虽已保释，而学生尚抱再接再厉的决心，政府亦且持不做不休的态度。
都中宣传政府将明令免我职而以马其昶君任北大校长，我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，我个人且将有运动学生保持地位之嫌疑，不可以不速去。”
[56]
北京的风潮非但没有因为蔡元培的辞职而平息，反而引发了一场更大规模的“挽留蔡校长”
运动，以至于教育部新任命的校长无法到校。
在这种情况下，蔡元培于当年7月回北大复职。
在南下途中，蔡元培给北大学生写信，他肯定了学生们的行动，认为此举“纯出于爱国之热诚”
。
但在返回北大后，蔡元培开始尽可能地劝告学生应以“学术救国”
为重，不可常为救国运动而牺牲。
他说：
吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几；得受纯粹科学教育者，万分之几。
诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础；而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。
诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎?诸君唤醒国民之任务，至矣，尽矣，无以复加矣![57]
这段话反映了蔡元培当时的矛盾心理。
确实，在“五四”
之前蔡元培是支持学生运动的。
在当时他认为，政府在国难面前无所作为或者不可信任，所以需要学生奋起、有所作为，正如他事后说的，“五四运动是社会的各方面酝酿出来的。
政治太腐败，社会太龌龊，学生天良未泯，便不答应这种腐败的政治，龌龊的社会，蓄之已久，进发一朝，于是乎有五四运动”
。
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但作为一校之长，蔡元培先生曾亲身经历清末到民国初的数起学生风潮，他深知其中的危害。
1922年10月25日下午4时，因北大学生讲义潮而辞职的蔡元培在回校复职后，在师生大会上发表演说：“我这一回的辞职，有多数的人都说我‘小题大做’。
但是我对于十八日的暴举，实在看得很重大。
……我还记得二十年前革命主义宣传最盛的时候，学生都怀着革命的思想，跃跃欲试，就在学校里面试验起来。
……他的导火线都很简单，大半为记分不公平或饭菜不好等小问题，反对一个教员或一个庶务员，后来迁于全体教职员，闹到散学。
……现在政治上的失望与改革的热诚，激动人的神经，又与二三十年前差不多了。
学生在学校里面要试验革命的手段又有点开端了。
我希望有知识的大学生，狠要细心检点。”
[59]
1928年后，蔡元培开始专任中央研究院院长，基本上与民国的教育行政系统脱离直接关系，但在1931年“九一八”
事变后，国民党中央政治会议决定设立“特种教育委员会”
，并由蔡元培出任委员长，这使得60岁的蔡元培再次被推到了学生运动的风口浪尖。
1931年12月14日，蔡元培在国府做报告时称，国难期间，学生之爱国运动决不能荒废学业，“因爱国而牺牲学业，则损失的重大，几乎与丧失国土相等”
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