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在广泛收集众家医学文献的基础上，王肯堂总结自己多年行医的经验，费时10年，于万历三十年（1602年）编著成《六科诊治准绳》。
该书共44卷，220万字，分杂病、类方、伤寒、疡医、幼科、妇科六科。
全书内容极为丰富，参验脉症，辨析透彻，涉及多种疾病的诊治，后人曾以“博而不杂”
、“详而有要”
之语赞誉之。
王肯堂的其他医著还有《古今医统正脉全书》25卷、《医镜》4卷、《医论》4卷。
陈实功（1555—1636年），字毓仁，又字若虚，江苏南通人。
他少年立志攻医，一生行医，济人无数。
陈实功的医术，尤以外科见长。
曾成功地完成难度极大的截肢、断喉一类的吻合手术。
在探索摘除鼻息肉的方法上，他于万历四十五年（1617年）设计了一个精巧的手术器械，即用两根细铜筋，筋头各钻一个小孔，以丝线系孔使两筋相连，连线长约5分。
手术前，陈实功将麻醉药滴入患者鼻孔，然后将两根筋头伸入鼻内，用两筋头的丝线把息肉从根部绞紧，然后向下一拔，息肉即可摘除，只需再止血消毒，便圆满地完成了治疗。
对于吞咽钉、针患者的救治，陈实功的方法是用乱麻筋一团搓成龙眼大小，再用线穿系好并留线头在外，将乱麻筋团浸湿后，让患者急速吞下，针头必会刺入麻团，只要抓住线头立即从喉中扯出，针亦相随而出。
此外，关于下颌骨脱臼整复法、痔瘘的各类疗法、皮肤病的治疗等，他都有独到的技术。
陈实功虽长于外科，但他特别推崇祖国中医学的整体观点，既重视体表疾患的局部治疗，也重视患者机体的内在改善，坚持外治内治相结合的原则，从而达到了标、本并治的效果。
晚年，陈实功总结其四十余年行医救人的经验，著成《外科正宗》（1617年）四卷。
该书共计21万字，有插图30余帧，论述外科常见病100多种。
第一卷总论痛痈的病源、诊断及治疗。
第二至四卷对外科其他常见病分别介绍各家提出的病因病理观、临床症状、诊断要领、用药和手术的适应症、禁忌症。
其中多数附有治疗病案，如前文所述断喉吻合、摘除鼻息肉等病例皆收录其中。
书的最后列举了自唐至明以来常用的内服外敷有效方剂的药物组成。
在这部书中，尤其可贵的是陈实功对各类肿瘤病，包括癌症在内的诊断和治疗，都进行过有意义的探索，并作了十分真实的记载，为后人留下颇多的启示。
《外科正宗》在我国古代外科类书籍中有“列症最详，论治最精”
之誉，是中国古代外科学著作中不可多得的一部佳作。
中国古代在免疫学上最突出的贡献，是关于天花的防治，发明了人痘接种法。
该法是取天花患者的衬衣给被接种的人穿用或将少许天花患者的痘浆或痘痂植入健康人的鼻孔中，使其感染轻度天花，而获得免疫力。
我国种痘术发明于何时，尚未能定论，但至迟在16世纪中叶，这项技术已使部分人受惠。
至清代，人工接痘法又有所改进，并传入俄国及欧亚各地。
1796年英国人琴纳（EdwardJenner，1749—1823年）发明牛痘接种法后，人痘接种法才渐被取代。
在温病即传染性热性疾病的研究上，明代亦有突破性进展。
洪武元年（1368年），王履（字安道，江苏昆山人）著成《医经溯洄集》，从病理学上明确指出了温病与伤寒不可混称，从而为后人突破张仲景《伤寒论》的旧框架，重新认识和研究传染病开拓了新途径。
明末著名医学家吴有性（1582—1652年，字又可，江苏吴县人）在总结亲身考察经验的基础上，写成《温疫论》2卷、补遗1卷。
在该书中，吴有性正确指出，温疫病与伤寒病的根本不同点在于伤寒病因是“外感风寒”
，病邪从毫毛孔窍侵入，而温疫病则是由口鼻传入人身的某种“戾气”
（细菌、病毒之类的病原体）生成的，两者病因不同，治疗方法也有所不同，并介绍了分清疫毒、对症下药的治疗方案及有效方剂。
《温疫论》丰富于温疫病治疗学的内容，为明清时期温病学说的形成奠定了基础。
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