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这一做法倡导于王守仁，代表了书院自由讲学的精神。
明代的书院除少部分为官立的外，大部分是私立的。
书院的组织和管理较为简单，没有专门负责行政事务的管理人员，以师生的自我管理为主。
书院的主持人通常称为山长，如洪武初尼山、洙泗书院，各设山长一人。
还有称洞主和院长的，如白鹿洞书院和陕西景州的董子书院。
总起来看，以山长之称为多，而以洞主、院长之称为少。
书院的主持人，既负责书院的教学工作，又负责书院的组织管理工作，而且还是该书院最著名的学者、主讲人，亲自教授生徒，授业解惑。
有些规模较大的书院，还设有副山长、副教、助教等人员，协助山长工作，有不少生徒也参与了书院的管理。
明代书院的生徒一般采取分斋肄业的办法。
书院属自由讲学的性质，各地学者往往慕一名师而奔趋，因此生徒年龄差异很大。
如湛若水在广东天关书院讲学时，简翁102岁前来听讲，另外还有三皓：黎养真82岁，黄慎斋81岁，吴滕川80岁。
这样，生徒学业的底子差距很大，因此需设斋授课。
一些规模较大的书院往往设有许多斋，如岳麓书院就设有诚明、敬义、日新、时习四斋。
生徒的管理，一般每斋设斋长一人，选择学业优秀的生徒充当，或由生徒轮流充当。
生徒分斋学习，有利于根据生徒的水平，因材施教，进行有针对性的教学活动。
明代书院的经费，主要来自田租。
书院的学田，无论是官方设立的还是私立的书院，主要都是由地方政府拨给的荒闲地、无主土地，其次则为私人捐献的土地。
如岳麓书院的学田，弘治时由地方官李锡、吴世忠和监生李经、甘归受等人先后捐献87亩。
嘉靖年间王秉良又捐献18亩，孙存捐献68亩，季本捐献102亩，林华捐献50亩，并向官府请得荒田198亩，恢复书院原有田地290亩。
总计岳麓书院拥有土地2220余亩，可收地租880余石。
明代书院经费的支出，主要是为生徒、外地学者提供食宿、灯火、文具之费。
如湛若水在广东大科书院所作的堂训规定：书院所拥有的捐献土地，不论每年收入租谷多少，全部储存在公仓之中，凡是贫穷的生徒及来自远方不能携带食粮的生徒，都可以支取粮食。
书院的经费，还有一部分用来藏书和刻书。
不少书院都建有尊经阁、御书楼等以藏书。
除了藏书外，还注重刻书，影响很大。
四、书院的命运
明代书院的发展并不是一帆风顺的，嘉靖以后曾发生过四次禁毁书院的事件。
嘉靖朝两次，万历朝一次，天启朝一次。
第一次是嘉靖十六年（1537年）。
御史游居敬弹劾南京吏部尚书湛若水学术偏颇，志行邪伪，奏请朝廷将其罢黜，并禁毁王守仁、湛若水的著作及其门人私创的书院。
吏部认为湛若水潜心研究经学，其学说并非全谬，其著作不宜禁绝，只是各地私创书院讲学有违典制，应予以禁毁。
这次禁毁书院范围不广，所以影响也不大。
第二次是嘉靖十七年（1538年）。
吏部尚书许瓒再次上疏，指斥有些地方擅自更改官衙，另建书院，刻印书籍，花费很大，增加了百姓的负担，请求拆毁书院。
但此次对书院的处理，只是禁止今后擅创书院，刊刻书籍，而未下令拆毁各地已建立的书院。
因而这次禁毁，并未限制住书院的发展势头。
第三次是在万历七年（1579年）。
张居正认为书院是“群集徒党”
、“空谈废业”
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