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蔡元培本人并不是一个科学家，但他曾数游欧洲，深谙科技在时代发展中的决定性作用，深知科技事业之于国家、民族的重要，他坚定地支持中国近代的科学救国论者。
他说，“教育文化为一国立国之根本，而科学研究尤为一切事业之基础”
。
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中央研究院就是蔡元培教育“科学化”
的最重要结晶。
1927年4月17日，中国国民党中央政治会议第七十四次会议在南京举行，李石曾提出设立中央研究院案，决议推李石曾、蔡元培、张静江共同起草中研院组织法。
同年5月9日，中央政治会议第九十次会议议决设立中研院筹备处，并推定蔡元培、李煜瀛、张人杰、褚民谊、许崇清、金湘帆为筹备委员。
11月9日，《中央研究院组织法》公布，明定“中央研究院直隶于中华民国国民政府，为中华民国最高学术研究机关”
，设立物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、国文学、考古学、心理学、教育、社会科学、动物、植物等十四个研究所。
蔡元培作为当时的大学院院长，具体负责中央研究院的组织工作。
1928年4月，南京国民政府公布修正中央研究院条例，改中华民国大学院研究院为中央研究院，直属国民政府，正式任命蔡元培为首任院长。
在首任院长蔡元培任内，中央研究院陆续在南京、上海等地设立十个研究所，系由理化实业、社会科学、历史语言三研究所，以及地质调查所、观象台与自然历史博物馆演展而来。
抗战期间中央研究院曾西迁昆明、桂林、四川李庄等地，抗战胜利后方复还京、沪。
理化实业研究所于1927年11月筹设，下有物理组、化学组、工程组。
1928年7月分立为物理研究所、化学研究所、工程研究所，均在上海。
地质调查所于1927年11月筹设，1928年7月在上海成立地质研究所。
社会科学研究所于1927年11月筹设，1928年5月正式成立，下有法制组、民族组、经济组、社会组，前两组在南京，后两组在上海。
1934年7月，中华教育文化基金董事会之北平社会调查所并入该所，1945年改称社会研究所。
观象台于1927年11月更名，下有天文组、气象组。
1928年2月分立为天文研究所、气象研究所，均在南京。
语言历史研究所于1927年夏设于广州中山大学，1928年3月在中山大学筹设历史语言研究所，10月22日迁入广州柏园正式成立，后迁北平。
体质人类学研究所于1944年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办。
自然历史博物馆于1929年1月筹备，1930年1月成立于南京，1934年7月更名为“动植物研究所”
，1944年5月分立动物研究所、植物研究所。
心理研究所于1928年11月决定设立，1929年1月筹备，1929年5月在北平正式成立。
数学研究所于1941年筹备，1947年在上海正式成立。
医学研究所于1944年筹备。
院长任上，蔡元培依旧奉行他的“人才至上”
主义，不拘一格选用科学方面的专家。
理工方面，物理研究所聘丁西林为所长，严济慈、胡刚复、杨肇燫等为研究员；化学研究所聘王琎为所长，赵燏黄、沈慈辉、曾义为研究员；工程研究所聘请周仁为所长，王季同、周行健等为研究员；地质研究所聘李四光为所长，翁文灏、叶良辅、徐渊摩等为研究员；气象研究所聘竺可桢为所长，胡焕庸等为研究员；天文研究所聘请俞青松为所长，陈遵妫、高平子为研究员；心理研究所由康钺任所长。
人文方面，历史语言所由傅斯年任所长，陈寅恪、赵元任、李济分别任历史组、语言组、考古组主任，研究员有陈垣、刘半农、徐中舒、罗常培、史禄国（白俄学者）等。
社会科学研究所由杨端六任所长，后由蔡元培本人兼任，下设四组：主任杨杏佛，研究员杨端六、吴定良，特约研究员刘大钧、王琎、何廉、蒋廷黻等；法制组主任王云五，特约研究员周鲠生、王世杰、胡长青等；社会组主任陈翰笙，研究员王济昌，特约研究员陶孟和；民族组主任蔡元培，研究员有德国学者但泽、凌纯声。
蔡元培所聘请的研究人员，几乎囊括了当时中国科学界的顶级精英。
在研究院的行政管理干部上，蔡元培也始终把握专家治院的原则。
研究院内总管行政事务的最初为秘书长，后改称为总干事。
蔡元培聘请的第一任总干事就是杨杏佛。
杨杏佛早年加入同盟会，并曾在孙中山的临时南京政府中任职，后赴美国留学，攻读机械工程、工商管理、经济。
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