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归国后，长期协助蔡元培工作，是蔡元培创建中央研究院的最得力的助手。
蔡元培曾说，“我素来宽容而迂缓，杨君精悍而机警，正可以他之长补我之短”
。
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1933年，杨杏佛遭国民党特务暗杀，物理学家丁西林短期代任总干事一职，继由地质学家丁文江接任总干事。
丁文江早年留学英国攻读动物学和地质学，1922年参与发起成立中国地质学会，与翁文灏合著《第一次中国矿业纪要》。
他是一个精于科学又长于事务管理的科学家，1934年任中央研究院总干事后在科研组织管理方面实施了一系列富有成效的改革。
蔡元培称他是一位“有办事才能的科学家”
，“我国现代稀有的人物”
。
[92]丁文江去世后，总干事一职又相继由朱家骅、傅斯年等担任。
他们都是学者型的人物。
蔡元培的这种用人理念人使研究院从没有出现外行领导内行的现象，贯彻了学术独立的主张。
作为一院之长的蔡元培给自己的角色定位，就是为科研人员竭尽所能地创造学术研究条件和空间。
各所的学者要去全国各地进行科学调研，蔡元培总是和国民党的各地方军政要员积极接洽，要求他们尽力协助。
对自己聘任的专家学者，蔡元培用人则不疑。
时任社会科学研究所社会组主任的陈翰笙回忆：“蔡先生是院长兼社会科学研究所所长，但所内的具体工作，全都放手让我主持，从不干扰。
重要事务，由我去向他报告，他仔细地、认真地、虚心地听取报告，先征求我的处理意见，然后由他提出具体办法来同我商榷……我去信请教时，他都亲笔回信，具体而切实，从没有训人的口吻。
他不仅对我是这样，他对中央研究院每一个工作人员，不论职位高低，都以谦虚诚恳的态度平等相待。”
[93]
蔡元培领导创建中国研究院，是他继担任民国教育总长、北大校长之后，对于中国文教科研事业所做的又一个丰碑式功绩，以至有人评价，这是“蔡先生对于我国学术之最大贡献”
。
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现代艺术院校的开山鼻祖
在教育独立、学术自由的空间日益被压缩的政治氛围中，蔡元培依然尽最大的可能实现自己的教育理念。
蔡元培提出的教育方针是：科学化、劳动化、艺术化。
他说，“脑力与劳动同时并进之好处，非独养成身体发达之平均，而最大关键，乃在打破劳动阶级与知识阶级之界限”
，又说，“人生由小而长，而老，而死，苟无艺术之调和，则一世生活，真无兴趣之可言。
……故艺术兴味，确为教育上第一要义”
。
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1927年蔡元培组织大学院时，即特设立“全国艺术教育委员会”
。
这年10月，上海成立了音乐院，蔡元培亲自兼任院长，中国现代音乐史的一代宗师、现代专业音乐教育的开拓者与奠基者萧友梅担任教务主任。
这就是中国历史最悠久的高等音乐学府——著名的上海音乐学院的前身。
1928年7月，音乐院改名为音乐专科学校，校中设立预科、本科，并附设师范科，萧友梅担任校长，但蔡元培一如既往的关心音乐学校的建设。
廖辅元回忆，“萧先生每逢‘音专’有什么重大措施，都先向蔡先生汇报。
蔡先生对萧先生的汇报总是耐心倾听，同意的是频频点头，不明白的就及时发问，听懂了就相视而笑，表示赞赏”
。
他又说，“他（蔡元培）的态度是那么平易近人，虚怀若谷，从来没有看见他有一点架子”
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