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他认为像存在、意识、绝对等“形而上”
的问题是科学无能为力的，同时，他认为这一类问题并不是“科学主义”
者宣称的“毫无意义”
。
因为专治科学，太偏于概念，太偏于分析，太偏于机械的作用了。
譬如人是何等灵变的东西？照单纯的科学家眼光：解剖起来，不过几根骨头，几堆筋肉。
化分起来，不过几种原质。
要是科学进步，一定可以制造生人，与现在制造机械一样。
虽然当时还没有今天所谓的“生物科学”
、基因技术，但在百年前的蔡元培看来，从纯科学的角度来说，即使未来的某一天，随着科技的发达人类甚至可以复制出自身来。
但他的远见在于，问题并不这么简单：
就是一人的生死，国家的存亡，世界的成毁，都是机械作用，并没有自由的意志可以改变他的。
抱了这种机械的人生观与世界观，不但对于自己竟无生趣，对于社会毫无爱情；就是对于所治的科学，也不过‘依样画葫芦’，决没创造精神。
防这种流弊，就要求知识以外兼养感情，就是治科学以外，兼治美术。
有了美术的兴趣，不但觉得人生很有意义，很有价值；就是治科学的时候，也一定添了勇敢活泼的精神。
请诸君试验一试验。
以上是蔡元培在《美术与科学的关系》一文中的话。
蔡元培在《佛法与科学之比较研究》序中说，实证主义和实用主义“这两派哲学，都把玄学上的问题存而不论；把哲学作为现代科学的综合，并非再进一步，把科学所不能解决的问题，设法解决它。
然而科学所不能解决的问题，如精神与物质空间是怎么一回事，绝对的真理有没有，是人人所切望有一个答案的”
。
蔡元培一再坚持不应放弃对玄学的探讨，他又在《哲学与科学》一文中说，“人类求知的欲望，决不能以综合哲学与实证哲学为满足，必要侵入玄学的范围”
。
“大学是包容各种学问的机关，我们固然要研究各种科学；但不能就此满足，所以研究融贯科学的哲学；但也不能就此满足，所以又研究根据科学而又超绝科学的玄学。”
他强调，“各科学哲理与综合各种科学，尚介乎科学与哲学之间，惟玄学始超乎科学之上”
。
如果简单分析来看，新文化运动者们的一个逻辑是，要通过新的文化、思想来教育民众，在中国实现现代政治运作，维护共和政体，要使中国人增强科学意识，从而建设强大的国家。
他们的观点是，辛亥革命之所以遭到挫败，是因为中国的国民头脑中还缺乏民主共和的意识，“中国革命是以种族思想争来的，不是以共和思想争来的；所以皇帝虽退位，而人人脑中的皇帝尚未退位”
，因此，“要巩固共和，非先将国民脑子里所有反对共和的旧思想，一一洗刷干净不可”
。
这种观点无疑是深刻的，它认为满清的登台，是排满民族主义的胜利，而并不是民主共和对于封建皇权的胜利。
但这种观点的提出，仍可以说是基于一种“救亡图存”
式的实用主义逻辑。
国家的领导人固然关注列强何以在军事上、国力上强大，文化人理所当然地认为是这些列强有着强大文化做后盾，一个国家、一个民族的振兴，当然是一个系统化的问题，而不可能是单方面的问题，故应对中国做思想文化上的革新。
蔡元培则认为，不应把思想文化的改造仅当做一种富民强国的手段，而应以之为一种目的，以及人的一种精神需要。
也就是说，他的目光更注视人的终极精神追求和人性的终极关怀。
在他看来，文化和思想是人的一种内在要求，是人格完善和人性升华的途径和标志。
所以蔡元培一再强**育的目的是培养人格，“是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完善他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任”
。
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